不会退还。新车挂完牌、车的合格证会被车管所存档。车辆合格证是厂家生产出来的车随车一份的，是唯一的。如果现在是一辆没有上牌照的新车，只能向厂家回报情况，厂家会以邮寄的形式再发一份过来。是不需要花钱的。但是必须由买车的经销商直接和厂家联系才成。
汽车合格证上完牌后是不会退还的：
1、合格证是厂家出据的车辆合格证明，没有合格证很多项新车业务无法办理，首当其冲的就是办理保险；
2、一般情况下，新车开完发票后，就要及时办理保险业务，这时就需要车辆发票复印件、合格证复印件、车主及被保险人的身份证原件和复印件；
3、而合格证尤为重要，如果没有合格证，交强险和商业险均无法办理。
车辆合格证丢了怎么办可以补办，与售车的4S店联系(或与厂家直接联系)办理。
4S的客户服务那做下备案，一般是由4S店里面维修部门与厂家最熟悉的人员来联系补办事宜，把车型信息告诉总厂，总厂就能寄回来个新的。国产车一般补办费用100-200元，非常简单的事。厂家在确认后，会补发一张新的合格证。 合格证拿到后，注意核对车架号、发动机号是否与发票一致。
特别注意的是：
1、补领合格证只有通过销售商联系厂家重新发放该车合格证，还要等待厂家把新证编号报给工信部，否则交警的注册系统会自动比对合格证上所有信息肯定通不过，所以时间相当长。但有些经销商有特殊渠道能自己根据车辆信息出与原证编号一样的合格证，这样就方便多了，所以你只有找经销商想办法。
2、补领车辆合格证号可能会不一样，如果不同则需要重新开据销售发票。如果已缴纳车辆购置税，则需要办理变更手续。
新车上牌后合格证应归谁车管所。上牌时，车辆合格证原件入档，由车管部门保管。汽车注册登记、上牌、上路、投保、转让、注销，都要用到车辆合格证。合格证是汽车另一个重要的凭证，也是汽车上户时必备的证件。只有具有合格证的汽车才符合国家对机动车装备质量及有关标准的要求。无合格证或是合格证不能及时拿到，所属车辆就是一辆黑户车，是不允许在道路上行驶的。